| 部门编号 | 部门名称 |
| 70100 | 党务部门 |
| 70101 | 党委办公室 |
| 7010101 | 机要秘书 |
| 70102 | 机关党委 |
| 7010201 | 机关党委办公室 |
| 70103 | 统战部 |
| 7010301 | 专职统战员 |
| 70104 | 组织部 |
| 7010401 | 党委组织员 |
| 70105 | 党校 |
| 70106 | 纪监审办公室 |
| 7010601 | 检察审计 |
| 7010602 | 信访宣传 |
| 70108 | 宣传部 |
| 7010801 | 文明办公室 |
| 7010802 | 对外宣传科 |
| 7010803 | 校刊 |
| 70109 | 学生工作部 |
| 7010901 | 学生日常管理 |
| 7010902 | 思想政治管理 |
| 7010903 | 就业指导 |
| 7010904 | 学生园区管理 |
| 7010905 | 心理咨询中心 |
| 70110 | 武装保卫部 |
| 7011001 | 治安科 |
| 7011002 | 校园安全科 |
| 70111 | 工会 |
| 7011101 | 办公室 |
| 70112 | 妇委会 |
| 70113 | 团委 |
| 7011301 | 办公室 |
| 70114 | 老干部工作办公室 |
| 7011401 | 综合科 |
| 70115 | 退管会 |
| 7011501 | 办公室 |
| 70117 | 综合事务总支 |
| 70200 | 行政部门 |
| 70201 | 院长办公室 |
| 7020101 | 行政事务科 |
| 7020102 | 文秘信息科 |
| 7020103 | 办公室秘书 |
| 7020104 | 信访内务科 |
| 7020105 | 校友会秘书 |
| 7020106 | 交大综合 |
| 70202 | 教务处 |
| 7020201 | 教务科办公室 |
| 7020202 | 招生办公室 |
| 7020203 | 教学质量管理办公室 |
| 7020204 | 长学制办公室 |
| 7020205 | 教学辅助中心 |
| 70203 | 科技处 |
| 7020301 | 综合科 |
| 7020302 | 项目科 |
| 7020303 | 成果转化 |
| 70204 | 研究生院 |
| 7020401 | 招生办公室 |
| 7020402 | 培养办公室 |
| 7020403 | 学位办公室 |
| 7020404 | 学生办公室 |
| 70205 | 医管处 |
| 7020501 | 办公室 |
| 70206 | 国际交流处 |
| 7020601 | 出国管理科 |
| 7020602 | 外事综合科 |
| 7020603 | HOPE基金会办公室 |
| 7020604 | 留学生教育中心 |
| 70207 | 人事处 |
| 7020701 | 师资培养科 |
| 7020702 | 工资福利科 |
| 7020703 | 人力资源开发办公室 |
| 7020704 | 人才交流中心 |
| 70208 | 财务处 |
| 7020801 | 预算资金管理科 |
| 7020802 | 其它资金管理科 |
| 7020803 | 财务结算中心 |
| 70209 | 资产管理处 |
| 7020901 | 行政科 |
| 7020902 | 实验室管理科 |
| 7020903 | 固定资产科 |
| 7020904 | 物资管理中心 |
| 70210 | 基建办 |
| 7021001 | 办公室 |
| 70211 | 学科与基地建设处 |
| 70212 | 校友会 |
| 70213 | 211办公室 |
| 70214 | 中国医院发展研究院 |
| 70215 | 学科规划处 |
| 70300 | 学院、系 |
| 70301 | 基础医学院 |
| 7030101 | 医用数学教研室 |
| 7030102 | 医用物理教研室 |
| 7030103 | 生物统计学教研室 |
| 7030104 | 医用化学教研室 |
| 7030105 | 医用计算机教研室 |
| 7030106 | 生物医学工程 |
| 7030107 | 外文教研室 |
| 7030108 | 法文教研室 |
| 7030109 | 体育教研室 |
| 7030110 | 解剖学教研室 |
| 7030111 | 组织胚胎学教研室 |
| 7030112 | 生理学教研室 |
| 7030113 | 生物化学教研室 |
| 7030114 | 细胞生物学教研室 |
| 7030115 | 神经生物学教研室 |
| 7030116 | 免疫学教研室 |
| 7030117 | 医学遗传学教研室 |
| 7030118 | 分子发育学研究室 |
| 7030119 | 病原生物学教研室 |
| 7030120 | 病理生理学教研室 |
| 7030121 | 病理解剖学教研室 |
| 7030122 | 药理学教研室 |
| 7030123 | 同位素实验室 |
| 7030124 | 指导员办公室 |
| 7030125 | 基础医学院办公室 |
| 7030126 | 中法医学部 |
| 7030127 | 实验中心 |
| 7030128 | 生化系 |
| 70302 | 公共卫生学院 |
| 7030201 | 法律教研室 |
| 7030202 | 全科医学教研室 |
| 7030203 | 哲学教研室 |
| 7030204 | 思想政治教研室 |
| 7030205 | 卫生政策与管理基础教研室 |
| 7030206 | 预防医学教研室 |
| 7030207 | 政治经济学教研室 |
| 7030208 | 文学艺术教研室 |
| 7030209 | 上海市医疗保险培训中心 |
| 70303 | 继续教育学院 |
| 70304 | 远程教育学院 |
| 70305 | 护理学院 |
| 70306 | 医学营养系 |
| 70307 | 检验系 |
| 70400 | 中心 |
| 70401 | 信息资源中心 |
| 7040101 | 信息资源中心办公室 |
| 7040102 | 网络运维部 |
| 7040103 | 流通阅览室 |
| 7040104 | 文献采编部 |
| 7040105 | 电子资源部 |
| 7040106 | 信息研究部 |
| 7040107 | 发展部 |
| 7040108 | 宣传报道中心 |
| 70402 | 学报编辑部 |
| 70403 | 档案馆 |
| 7040301 | 业务指导室 |
| 7040302 | 档案管理室 |
| 7040303 | 编研征集室 |
| 70404 | 医学教育发展与研究中心 |
| 70407 | 实验动物科学部 |
| 7040701 | 实验动物科学部办公室 |
| 7040702 | 大动物实验办公室 |
| 7040703 | 小动物实验办公室 |
| 70411 | 医疗门诊部 |
| 70412 | 校产中心 |
| 7041201 | 金洁洗涤 |
| 7041202 | 净水 |
| 7041203 | 科技发展 |
| 7041204 | 科技服务 |
| 7041205 | 口腔厂 |
| 7041206 | 三叶公司 |
| 7041207 | 万隆公司 |
| 7041208 | 印 刷 厂 |
| 7041209 | 震达公司 |
| 7041210 | 医学检验重点实验室 |
| 70413 | 后勤实业发展中心 |
| 7041301 | 总经理办公室 |
| 7041302 | 财务部 |
| 7041303 | 饮食中心 |
| 7041304 | 学生公寓服务中心 |
| 7041305 | 修建服务中心 |
| 7041306 | 物业管理中心 |
| 7041307 | 商贸中心 |
| 7041308 | 汽车运输服务中心 |
| 7041309 | 诚信影印中心 |
| 7041310 | 保洁中心 |
| 70414 | 健康中心 |
| 70500 | 临床医学院及教学基地 |
| 70501 | 瑞金医院 |
| 7050101 | 瑞金医院党办 |
| 7050102 | 瑞金医院院办 |
| 7050103 | 瑞金医院科研办 |
| 7050104 | 瑞金临床医学院 |
| 7050105 | 瑞金集团闵行中心医院 |
| 70502 | 仁济医院 |
| 7050201 | 仁济医院党办 |
| 7050202 | 仁济医院院办 |
| 7050203 | 仁济医院科研办 |
| 7050204 | 仁济临床医学院 |
| 70503 | 新华医院 |
| 7050301 | 新华医院党办 |
| 7050302 | 新华医院院办 |
| 7050303 | 新华医院科研办 |
| 7050304 | 新华临床医学院 |
| 7050306 | 中美儿医后期 |
| 70504 | 第九人民医院 |
| 7050401 | 九医党办 |
| 7050402 | 九院院办 |
| 7050403 | 九院科研办 |
| 7050404 | 口腔临床医学院 |
| 70505 | 第三人民医院 |
| 7050501 | 第三人民医院党办 |
| 7050502 | 第三人民医院院办 |
| 7050503 | 第三人民医院科研办 |
| 7050504 | 第三人民医院临床医学院 |
| 70506 | 上海精神卫生中心 |
| 70507 | 第六人民医院 |
| 7050704 | 第六人民医院临床医学院 |
| 70508 | 第一人民医院 |
| 7050804 | 第一人民医院临床医学院 |
| 70509 | 儿童医院 |
| 70510 | 胸科医院 |
| 70511 | 苏州九龙医院 |
| 70512 | 卫生职业技术学院 |
| 70513 | 上海市卫生学校 |
| 70514 | 儿童医学中心 |
| 70515 | 国际和平妇幼保健院 |
| 70600 | 市级研究所 |
| 70601 | 上海市伤骨科研究所 |
| 70602 | 上海市内分泌代谢病研究所 |
| 70603 | 上海市高血压研究所 |
| 70604 | 上海市血液学研究所 |
| 70605 | 上海市烧伤研究所 |
| 70606 | 上海市消化研究所 |
| 70607 | 上海市免疫学研究所 |
| 70608 | 上海市儿科医学研究所 |
| 70609 | 上海市口腔医学研究所 |
| 70610 | 上海生物材料研究测试中心 |
| 70611 | 上海市肿瘤研究所 |
| 70700 | 其他 |
| 70701 | 生物发育 |
| 70710 | 其他 |
| 70711 | 医学科学研究院 |