醫(yī)院由上海市人民政府與世界健康基金會(huì)于上世紀(jì)九十年代立項(xiàng)建設(shè),，1998年正式建成對外開放,。時(shí)任國家主席江澤民為醫(yī)院題寫院名，時(shí)任美國總統(tǒng)夫人希拉里?克林頓女士親臨為醫(yī)院開張剪彩,。2017年醫(yī)院獲批成為國家兒童醫(yī)學(xué)中心,。2018年5月,，醫(yī)院建院20周年之際，美國總統(tǒng)唐納德.特朗普夫婦向醫(yī)院致以賀信,。
醫(yī)院擁有31個(gè)臨床科室,，規(guī)劃床位規(guī)模1500張，實(shí)際開放800張,。其主要特色有：1,、具有良好的國際化發(fā)展背景。醫(yī)院目前與十多個(gè)國家的三十多個(gè)國際頂尖醫(yī)療機(jī)構(gòu)建立了姐妹合作關(guān)系,，分別組建了8個(gè)國際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室/中心/基地,。2、總體疾病診治疑難度位于市級醫(yī)院前列,。擁有6個(gè)國家重點(diǎn)學(xué)科,、國家臨床重點(diǎn)專科和若干省部級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、研究所,。小兒心臟中心,、血液腫瘤中心是全球最大的兒童診治中心，醫(yī)教研結(jié)構(gòu)完善,，代表國內(nèi)該領(lǐng)域最高學(xué)科水平,。近年來，醫(yī)院疾病診治疑難危重度指數(shù)（CMI）位列市級領(lǐng)先,。3.醫(yī)療質(zhì)量處于先進(jìn)水平,。2010年成為國內(nèi)首家通過JCI國際醫(yī)院認(rèn)證的兒童專科醫(yī)院,；2018年問鼎上海市政府質(zhì)量金獎(jiǎng),。4、科技創(chuàng)新成果顯著,。近年來,，獲得國家自然科學(xué)基金數(shù)量位列全國兒童專科醫(yī)院榜首,，入圍《自然》出版集團(tuán)中國百強(qiáng)醫(yī)院,，先后以第一單位（或第一合作單位）獲得國家科技進(jìn)步獎(jiǎng)8項(xiàng)（占全國兒童醫(yī)院獲獎(jiǎng)總數(shù)一半以上）。5,、積極主動(dòng)承擔(dān)社會(huì)責(zé)任,。率先在國內(nèi)創(chuàng)立醫(yī)務(wù)社會(huì)工作部（1998年）；率先啟動(dòng)西部,、東北地區(qū)兒科醫(yī)護(hù)人員培訓(xùn)計(jì)劃（2002年）,；率先開展“一帶一路”援助計(jì)劃（2012年）；率先開展“無哭聲計(jì)劃”（2014年）……分別獲得多個(gè)榮譽(yù)獎(jiǎng)項(xiàng),，并于2017年榮獲全國文明單位稱號(hào),。
上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬上海兒童醫(yī)學(xué)中心（簡稱“兒中心”）是由上海市人民政府與世界健康基金會(huì)（Project HOPE）合作共建的一所集醫(yī)、教,、研于一體的三級甲等兒童?？漆t(yī)院。2017年1月,，經(jīng)國家衛(wèi)計(jì)委審批同意,，成為國家兒童醫(yī)學(xué)中心的建設(shè)主體單位之一。
醫(yī)院占地面積100畝,，總建筑面積約8.4萬平方米,，規(guī)模床位1000張，實(shí)際開放床位800張,，重癥監(jiān)護(hù)床位數(shù)配置占總數(shù)的1/5,。目前,，年門急診總量約192.42萬人次,，出院病人約4.25萬人次,，手術(shù)病人約2.35萬人次。醫(yī)院擁有多個(gè)在國內(nèi)外具有重要影響力的優(yōu)勢特色學(xué)科,，如小兒心血管,、兒童血液腫瘤、兒童保?。òl(fā)育行為兒科）,。心臟中心是國內(nèi)建立最早、全球規(guī)模最大的小兒先心病診治中心,，兒童血液腫瘤中心已成為國內(nèi)規(guī)模最大的診治中心,。兒童保健（發(fā)育行為兒科）專業(yè)是我國該學(xué)科領(lǐng)域的發(fā)源地之一,。
醫(yī)院作為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院的附屬醫(yī)院,，兒科學(xué)專業(yè)已經(jīng)成為國家重點(diǎn)學(xué)科、211工程,、985工程,、085工程重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，相關(guān)兒科亞專業(yè)相繼獲得國家臨床重點(diǎn)?？?、上海市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科及上海市公共衛(wèi)生重點(diǎn)學(xué)科等。醫(yī)院還設(shè)有國內(nèi)首家兒科轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究所,、衛(wèi)生部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、衛(wèi)生部首批小兒先天性心臟病診斷和介入治療繼續(xù)教學(xué)的培訓(xùn)基地、上海市小兒先心病研究所,、上海市首批臨床醫(yī)學(xué)中心,，以及兒童聽力、兒童血液腫瘤,、注意力缺陷,、呼吸循環(huán)、小兒肝病,、兒童癲癇,、兒童睡眠障礙等多個(gè)研究所及臨床診治中心。20多年來,，先后獲得國家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)8項(xiàng)（其中合作2項(xiàng)）,，多次獲得上海市科學(xué)進(jìn)步一等獎(jiǎng)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)科技進(jìn)步獎(jiǎng),、教育部科技進(jìn)步獎(jiǎng),、宋慶齡兒科醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)等重大科研獎(jiǎng)勵(lì)。近年來，醫(yī)院引進(jìn)并培養(yǎng)了一批學(xué)科骨干,，獲得中央千人計(jì)劃,、上海市千人計(jì)劃、國家優(yōu)青,、東方學(xué)者,、衛(wèi)生系統(tǒng)領(lǐng)軍人才等各類人才資助計(jì)劃。醫(yī)院設(shè)有兒科專業(yè)博士后流動(dòng)站,、博士,、碩士培養(yǎng)點(diǎn)，也是上海市兒科和小兒外科住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)的主要基地之一,。