1903年2月，馬相伯捐獻家產(chǎn)創(chuàng)辦震旦學院。1905年2月馬先生與天主教法國耶穌會在辦學意見上發(fā)生分歧，被迫離校，另建復旦公學。當年8月震旦學院在法國耶穌會主辦下重新開學，成為中國第一所天主教大學。1908年該學院為謀發(fā)展遷至盧家灣呂班路（今重慶南路），擇鄰廣慈醫(yī)院（今瑞金醫(yī)院），意欲開辦醫(yī)科。1909年學院開辦自然理化科。1912年法籍傳教士孔道明任震旦學院院長后即著手建立醫(yī)科。先設醫(yī)學先修課，請廣慈醫(yī)院法籍醫(yī)師李固和柏利特擔任臨床指導教師。每周一、二、六，學生往廣慈醫(yī)院作臨床實習。有兩名學生肄業(yè)自然理化科，兩年后，繼又在廣慈醫(yī)院做臨床實習四年，經(jīng)過考試于1917年畢業(yè)，為震旦醫(yī)科首屆畢業(yè)生。1914年正式設立醫(yī)科，學制四年。1915年聘法國薛佩禮任內(nèi)科教授，付勞朗任解剖學教授。學制改為六年，課程設置、教學大綱皆參考法國醫(yī)學專業(yè)，所用教材為法國醫(yī)學院校教材，講授用法語。前兩年專習博物，課程包括法文、哲學、化學、物理學、動物學、植物學、心理學、組織學通論。后四年學醫(yī)科，課程為人體解剖學、病理解剖學、精神病學、眼科學、耳鼻喉科學、皮膚病學、婦產(chǎn)科學、兒科學、外科學等共40余門。

當時少數(shù)教師水平較好，多數(shù)水平一般。學生人數(shù)也不多，1920年前每屆新生數(shù)在2—10名之間，1920年后每屆有10多名，到30年代初才達到30名以上，但因淘汰率高，各屆畢業(yè)生數(shù)沒有超過10名的。

1932年，震旦大學獲教育部批準立案，將醫(yī)科改為醫(yī)學院。院長由法國駐華使館醫(yī)師貝熙業(yè)兼任。1938年富萊梅傳教士（法國里昂大學醫(yī)學院病理學博士）繼任院長。

常務校董才爾孟傳教士不惜用重金從法國招聘有真才實學的教授來校任教，同時吸收從法國名牌大學留學回來的中國醫(yī)師任教。30年代后期起，師資主要從本校醫(yī)科畢業(yè)生中選拔。在醫(yī)學院先后任職的法國教授有：薛佩禮、巴呂協(xié)斯、朗培、黎先、安納禮、巴臺、司比利特、米雄、桑德里、魏利澳等。中國教授有：鄺安堃 、徐寶彝、胡延黻、宋國賓、吳云瑞、劉永純、楊士達、許日東、陸潤之、唐士恒、劉燾、沈永康、聶傳賢、傅培彬、程一雄、沈錫元、朱仲剛、郭成周等。凡擔任臨床學科教授基本上都兼廣慈醫(yī)院科主任。1950年，兒科專家高鏡朗被聘為兒科教授。

1936年新教學大樓落成，醫(yī)學院的實驗室和儀器設備得到充實和改善，入學的學生數(shù)也逐年增加，1935年入學新生47名，1940年57名，1944年67名，1949年104名。震旦醫(yī)學院開始進入興旺發(fā)展時期，列入國內(nèi)著名醫(yī)學院行列。

震旦醫(yī)學院注重培養(yǎng)學生實際操作能力。學生在第二、三年學習解剖學，每日尸解2小時，三學期中解剖實習達270小時，平均每個學生可實習全身解剖兩次。醫(yī)學院以廣慈醫(yī)院及安當醫(yī)院（并入今盧灣區(qū)中心醫(yī)院）為實習醫(yī)院。安當醫(yī)院有病床100張，廣慈醫(yī)院有病床700張。兩所實習醫(yī)院病床多，病種多，為學生提供的臨床操作機會也多。學生從第三學年起，每天上午去安當醫(yī)院實習診斷學及小手術。第四學年每日上午在廣慈醫(yī)院各個病區(qū)及門診見習，并授臨床課。第六學年臨床實習。

震旦醫(yī)學院還注重醫(yī)生道德教育，在課程綱要上規(guī)定開設醫(yī)業(yè)倫理學，內(nèi)容有醫(yī)師人格、醫(yī)師道德、醫(yī)業(yè)秘密等，學生須于畢業(yè)典禮中領受宣誓詞當眾宣讀。

震旦醫(yī)學院考試制度效法法國醫(yī)科院校，有周考、月考、學期期終考、學年年終考等規(guī)定。科目證書考試是學年年終考試的一種：第一、第二學年須得到物理、化學、生物三科目（法文簡稱P.C.B）證書考試及格；第三至第六學年就有六組科目證書考試，從醫(yī)學基礎到臨床各科目共有27門，分期舉行考試，主要科目還規(guī)定進行筆試與口試。每項科目第一次考試不及格可補考，補考不及格則需留級。筆試試卷有兩位教授分別閱評，口試由考試委員三人分別考問。學生修業(yè)期滿六年，畢業(yè)考試及格可得醫(yī)學博士學位。

1932年初，醫(yī)學院增添牙醫(yī)系，由法人勒喬愛主持，在廣慈醫(yī)院開設牙醫(yī)系附設的門診部。

牙醫(yī)系不拘一格聘請有真才實學者來任教。聘請留學英、美、加拿大、法、日第一流大學畢業(yè)的顏遂良、葉景甫、盧佳、方連珍、梁北和、賈維霖、徐少明等教授，基本上達到各分科有專門教師。以后又陸續(xù)聘請到席應忠、陳紹周、沈鶴臣、周繼林、桑德斯、培福特、昆德奈、朱學靈、司徒學等教授。解放初期，又有張錫澤、張滌生任教。

牙醫(yī)系在1948年春將學制有四年改為六年，名稱改為牙醫(yī)學院。1950年春，學制仍改為四年。1952年初，上海牙醫(yī)學校并入震旦醫(yī)學院牙醫(yī)系。

震旦大學醫(yī)學院辦學41年，共有畢業(yè)生581名。

1937年震旦醫(yī)學院增設兩所高級護士學校，一所在廣慈醫(yī)院，一所在圣心醫(yī)院，統(tǒng)稱為震旦高級護士學校，胡文耀兼校長，并由二所醫(yī)院的修女直接管理，聘請醫(yī)院的臨床醫(yī)師兼任教師。1950年兩校分別改稱“廣慈”和“圣心”護士學校。

震旦大學學生參加過1919年“五四”運動及1927年收回教育主權斗爭等愛國運動。“一二?八”事變，日軍犯滬，醫(yī)學院20多名學生冒險奔赴前方救治傷員，同時大禮堂及西宿舍開辟傷兵醫(yī)院，收容300多名傷員；宋國賓教授還率一部分學生于安當醫(yī)院開設第十八傷兵醫(yī)院。“八?一三”戰(zhàn)爭爆發(fā)后的第二天，雖時值暑假，醫(yī)學院學生紛紛返校，與教師一起積極救護傷兵。

抗戰(zhàn)勝利后，醫(yī)學院不少學生積極參加反對內(nèi)戰(zhàn)要求和平的反蔣抗暴運動。解放前夕國民黨軍警特務闖入震旦校園逮捕進步學生，醫(yī)學院高年級學生樓乾貴等二人遭捕，幸得上海迅速解放被救。

解放前夕，醫(yī)學院許多學生在中共震旦地下黨支部領導下參加了“上海市人民保安隊”及“人民宣傳隊”，配合解放軍進城時維護社會秩序。上海一解放，有些醫(yī)學生還參軍、參干、參加南下服務團。1949年冬醫(yī)學院學生同教師一起奔赴駐嘉興地區(qū)解放軍部隊開展防治血吸蟲病工作。1951年參加爭取震旦新生收回教育主權斗爭，1952年投入思想改造運動，這些均為學校院系調(diào)整打下了思想基礎。