1月14日—18日 黨委向黨員干部傳達(dá)毛主席關(guān)于《清華大學(xué)物理教研組對(duì)待教師寧“左”勿右》的批示，要求各級(jí)黨組織克服寧“左”勿右的思想。

2月5日 根據(jù)中共中央《關(guān)于教育工作的指示》，修訂教學(xué)計(jì)劃，增加政治課、勞動(dòng)課、體育課及中醫(yī)學(xué)的學(xué)時(shí)，壓縮專(zhuān)業(yè)課時(shí)。

2月19日 實(shí)行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的院務(wù)委員會(huì)負(fù)責(zé)制。院務(wù)委員會(huì)擴(kuò)大為87人，關(guān)子展任主任委員。

3月16日 衛(wèi)生部副部長(zhǎng)錢(qián)信忠來(lái)校視察中醫(yī)中藥及經(jīng)絡(luò)研究工作。

3月 中國(guó)農(nóng)工民主黨上海第二醫(yī)學(xué)院支部成立，魏指薪為主任委員。

4月6日—8日 衛(wèi)生部副部長(zhǎng)徐運(yùn)北來(lái)校視察教育科研等工作。

5月19日 黨委常委會(huì)對(duì)常中方違法亂紀(jì)的錯(cuò)誤進(jìn)行揭露批判。隨后市委批準(zhǔn)撤銷(xiāo)常中方黨委副書(shū)記的職務(wù)，開(kāi)除黨籍。

5月26日 學(xué)校決定將醫(yī)療系分為一、二兩個(gè)部，一部設(shè)在廣慈醫(yī)院，二部設(shè)在仁濟(jì)醫(yī)院，實(shí)行院系結(jié)合的教學(xué)管理體制。1961年3月正式實(shí)施。

8月16日—24日 院第一屆黨員代表大會(huì)召開(kāi)，選出下一屆黨委會(huì)，關(guān)子展任黨委書(shū)記，劉涌波任副書(shū)記。

9月11日 黨委召開(kāi)教職工大會(huì)，動(dòng)員開(kāi)展總路線學(xué)習(xí)，反右傾，鼓干勁。

9月 蘭錫純主編國(guó)內(nèi)第一部《心臟外科學(xué)》由人民衛(wèi)生出版社出版。

10月5日 學(xué)校醫(yī)療專(zhuān)業(yè)由五年制改為六年制，于1960年執(zhí)行。

11月15日—22日 學(xué)院分別召開(kāi)護(hù)士、衛(wèi)技、教輔、工勤人員代表大會(huì)，動(dòng)員反右傾、鼓干勁，繼續(xù)“大躍進(jìn)”。

11月28日 黨委擴(kuò)大會(huì)議傳達(dá)中共上海市委第一書(shū)記柯慶施關(guān)于“反右傾”報(bào)告，此后有些黨員干部受到批判。

11月29日 學(xué)校召開(kāi)中醫(yī)工作經(jīng)驗(yàn)交流會(huì)，鄺安堃等介紹中西醫(yī)結(jié)合工作的經(jīng)驗(yàn)，關(guān)子展作關(guān)于“創(chuàng)立新學(xué)派”的報(bào)告。

12月4日—13日 學(xué)校舉行第二次學(xué)術(shù)討論會(huì)，除本校師生外，著名醫(yī)學(xué)專(zhuān)家沉克菲、應(yīng)元岳、程門(mén)雪等100余位來(lái)賓應(yīng)邀參加。市科委副主任舒文到會(huì)講話。

12月 學(xué)院愛(ài)國(guó)衛(wèi)生運(yùn)動(dòng)委員會(huì)成立，劉涌波任主任委員。

本年 招收本科生584名，研究生5名。畢業(yè)本科生350名，研究生5名。

本年 胡文耀當(dāng)選為第二屆全國(guó)人大代表。

本年 楊士達(dá)、蘭錫純、余賀任第三屆全國(guó)政協(xié)委員，楊士達(dá)當(dāng)選政協(xié)常委。