1月16日 上海市政府任命：王一飛為上海第二醫(yī)科大學(xué)校長(zhǎng),，免去王振義校長(zhǎng)職務(wù)。
2月22日—26日 學(xué)校舉辦第二屆中日整形外科會(huì)議,。會(huì)議主席張滌生,。
3月25日 史濟(jì)湘榮獲美國(guó)燒傷學(xué)會(huì)1988年度“伊文思”獎(jiǎng),。翌年又獲意大利“惠特克基金國(guó)際燒傷醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)”，并經(jīng)評(píng)委會(huì)邀請(qǐng)擔(dān)任1990年度該基金會(huì)評(píng)選委員,。
4月7日 合肥路高層教工住宅竣工,，建筑面積11710㎡。
4月 衛(wèi)生部批準(zhǔn)中國(guó)遺傳醫(yī)學(xué)中心上海新生兒篩選和遺傳代謝部成立,。該部設(shè)在上海市兒科醫(yī)學(xué)研究所,，主任陳瑞冠,。
5月7日—6月4日 第四次教育思想討論會(huì)，研究執(zhí)行“三,、五,、七”學(xué)制，修訂教學(xué)計(jì)劃,，建立課程質(zhì)量評(píng)估制度,，引入競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制。
5月20日 免疫學(xué)專家,、一級(jí)教授余賀病逝,，享年85歲。
5月26日 上海第二醫(yī)科大學(xué)與美國(guó)民間健康基金會(huì)聯(lián)合主辦中國(guó)第一屆國(guó)際口腔頜面外科學(xué)術(shù)會(huì)議,，會(huì)議在上?？茖W(xué)會(huì)堂舉行。邱蔚六教授及張錫澤教授任會(huì)議共同主席,。
6月11日 經(jīng)國(guó)家教委批準(zhǔn)上海第二醫(yī)科大學(xué)為試辦七年制的高等醫(yī)學(xué)院校之一,。試辦專業(yè)為臨床醫(yī)學(xué)和口腔醫(yī)學(xué)，分別招收學(xué)生30名和15名,，國(guó)家教委規(guī)定試辦七年制的學(xué)校,，其五年制本科各專業(yè)均列入首批錄取新生。
6月21日 上海市燒傷研究所成立,。所長(zhǎng)史濟(jì)湘,。
6月23日--1989年6月 學(xué)校先后為上海市第六人民醫(yī)院，上海市紡織局第一,、第二醫(yī)院,，盧灣區(qū)中心醫(yī)院，市醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心,，市兒童醫(yī)院,，市精神衛(wèi)生中心等11所醫(yī)院舉行教學(xué)醫(yī)院掛牌儀式。
7月8日 學(xué)校成立國(guó)際學(xué)術(shù)交流委員會(huì),，主任張滌生,。
7月18日 比利時(shí)國(guó)王博杜安一世授予傅培彬教授皇冠榮譽(yù)勛章，授勛儀式在比利時(shí)駐滬領(lǐng)事館舉行,。
9月16日 上海市整復(fù)外科研究所成立,。所長(zhǎng)張滌生。
9月 學(xué)校開始招收外國(guó)碩士研究生,。
10月9日 以王一飛校長(zhǎng)為團(tuán)長(zhǎng)的二醫(yī)大代表團(tuán)一行3人赴波蘭訪問革旦斯克醫(yī)學(xué)院,，簽訂兩校雙邊合作協(xié)議。
10月15日 校醫(yī)學(xué)情報(bào)中心開始設(shè)計(jì)中文醫(yī)學(xué)期刊數(shù)據(jù)庫。
10月20日 加拿大衛(wèi)生部副部長(zhǎng)納?貝封登日來校,，參加新華兒童醫(yī)院與加拿大蒙特利爾市圣-賈斯廷兒童醫(yī)院為姊妹醫(yī)院的協(xié)議簽字儀式,，謝麗娟副市長(zhǎng)參加了儀式。
10月 市高教局批準(zhǔn)二醫(yī)大設(shè)置醫(yī)學(xué)營(yíng)養(yǎng)專業(yè),，主任史奎雄,。
11月14日—16日 上海第一屆國(guó)際胃腸道癌腫瘤會(huì)議在上海展覽中心召開。江紹基教授任會(huì)議主席,，日本東京昭和大學(xué)栗原稔教授等9人擔(dān)任共同大會(huì)主席。謝麗娟副市長(zhǎng)到會(huì)致詞,，衛(wèi)生部陳敏章部長(zhǎng)在閉幕式上講話,。
12月25日 二醫(yī)大教師“配套成組”出國(guó)進(jìn)修的經(jīng)驗(yàn)在上海市留學(xué)生管理工作會(huì)議上作介紹，隨后在國(guó)家教委派遣留學(xué)生工作會(huì)議上受到表彰,。
12月28日 《中國(guó)上海仁濟(jì)醫(yī)院—美國(guó)舊金山圣瑪麗醫(yī)院心血管學(xué)術(shù)交流中心》協(xié)議書在滬簽訂,，并舉行掛牌儀式。
12月31日 學(xué)校思想政治工作研究會(huì)成立,，會(huì)長(zhǎng)林萌亞,。
本年 二醫(yī)大被評(píng)為市高教系統(tǒng)文明單位。
本年 學(xué)校與復(fù)旦大學(xué)建立校際合作,，將臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)七年制及五年制英文班60名新生,，送復(fù)旦生命科學(xué)學(xué)院學(xué)習(xí)第一學(xué)年的理科基礎(chǔ)課程。
本年 招收本科生657名,，?？粕?2名，博士研究生15名,，碩士研究生116名,。畢業(yè)本科生613名，博士研究生14名,，碩士研究生126名,。
本年 獲獎(jiǎng)研究生成果：國(guó)家發(fā)明四等獎(jiǎng)1項(xiàng)，國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)三等獎(jiǎng)1項(xiàng),，國(guó)家教委二等獎(jiǎng)3項(xiàng),，國(guó)家計(jì)生委三等獎(jiǎng)1項(xiàng)，衛(wèi)生部二等獎(jiǎng)1項(xiàng),、三等獎(jiǎng)2項(xiàng),，上海市一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、二等獎(jiǎng)2項(xiàng),、三等獎(jiǎng)6項(xiàng),、新產(chǎn)品三等獎(jiǎng)2項(xiàng)。
本年 王振義當(dāng)選七屆全國(guó)人大代表。
本年 董方中任七屆全國(guó)政協(xié)委員,。
本年 李國(guó)衡,、蟻國(guó)鈞、金正均,、楊寵瑩,、龔蘭生當(dāng)選市九屆人大代表。李國(guó)衡為人大常委會(huì)委員,。
本年 江紹基,、歐陽仁榮、陳家倫,、佘亞雄,、陳仁彪、朱仲剛,、陸道炎,、陳梅芳、榮燁之,、陶祥齡,、黃宗仁、戴克戎,、史秉璋,、嚴(yán)雋鴻、蔡琰任市七屆政協(xié)委員,。江紹基,、歐陽仁榮、陳家倫,、佘亞雄當(dāng)選政協(xié)常委,。
本年 先進(jìn)集體與個(gè)人：
本年 衛(wèi)生部授予赴摩洛哥第四批醫(yī)療隊(duì)“醫(yī)療隊(duì)先進(jìn)集體”稱號(hào)。
本年 國(guó)家級(jí)“有突出貢獻(xiàn)中青年科技專家”王一飛,、許以平,。
本年 全國(guó)衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)個(gè)人 戴克戎、金西銘,、蘇肇伉,。
本年 衛(wèi)生部援外醫(yī)療隊(duì)模范隊(duì)長(zhǎng) 安世源。
本年 上海市“三八”紅旗手 楊寵瑩,、薛培,、余慧貞、金毓翠,、吳圣楣,、顧越英。
