去年底今年初，新型冠狀病毒性肺炎（COVID-19）在武漢爆發(fā)，并迅速向全國(guó)范圍蔓延。正在瑞金醫(yī)院建設(shè)中的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（以下簡(jiǎn)稱(chēng)設(shè)施），以國(guó)家重大需求為己任，主動(dòng)作為，充分發(fā)揮國(guó)家設(shè)施的平臺(tái)優(yōu)勢(shì)，與復(fù)旦大學(xué)附屬上海市公共衛(wèi)生臨床中心（以下簡(jiǎn)稱(chēng)公衛(wèi)中心）、上海血液學(xué)研究所、醫(yī)學(xué)基因組學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、瑞金醫(yī)院臨床病毒學(xué)實(shí)驗(yàn)室，復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院分子病毒實(shí)驗(yàn)室、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬同仁醫(yī)院、中科院植物生理生態(tài)研究所、上海巴斯德研究所和上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所等單位通力合作，就新型冠狀病毒基因組、分子流行病學(xué)特點(diǎn)、疾病臨床特征進(jìn)行了深入研究。5月20日，《自然》雜志在線(xiàn)全文發(fā)表了該項(xiàng)研究成果“Viral and host factors related to the clinic outcome of COVID-2019”。
根據(jù)WHO最新統(tǒng)計(jì)，截至2020年5月18日，全世界累計(jì)確診病人超過(guò)460萬(wàn)，累計(jì)死亡病例超31萬(wàn)。在新型冠狀病毒感染關(guān)鍵時(shí)刻，設(shè)施學(xué)術(shù)委員會(huì)主任、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院終身教授陳竺院士親自進(jìn)行部署和指導(dǎo)，由設(shè)施主任陳賽娟院士親自組織，迅速成立重大疾病基因組研究平臺(tái)的精干研究小組。由平臺(tái)負(fù)責(zé)人，曾參加過(guò)17年前SARS病毒基因組研究的王升躍研究員和劉峰博士、譚云博士、呂綱助理研究員等組成。在瑞金醫(yī)院寧光院長(zhǎng)的大力支持下，與公衛(wèi)中心研究團(tuán)隊(duì)緊密合作，對(duì)該中心在2020年1月20日-2月25日期間收治的326例患者，進(jìn)行了病毒基因組、臨床表現(xiàn)特點(diǎn)、免疫反應(yīng)改變等數(shù)據(jù)的全面深度分析。自1月27日（大年初三）收到第一批樣本起，重大疾病基因組研究平臺(tái)在一個(gè)多月時(shí)間內(nèi)完成了112個(gè)COVID-19病例的病毒基因組深度測(cè)序、組裝和解析。
病毒基因組序列進(jìn)化樹(shù)分析表明SARS-CoV-2主要有兩個(gè)分支（Clade I 和Clade II）。確認(rèn)有華南海鮮市場(chǎng)接觸史的6位患者均集中在其中一個(gè)分枝中（Clade I），而Clade II患者無(wú)該接觸史，提示疫情發(fā)生并不局限于華南海鮮市場(chǎng)。通過(guò)對(duì)疫情爆發(fā)的不同時(shí)間階段和不同區(qū)域患者的SARS-CoV-2基因序列（截止2020年3月初）變化特征的比較分析，從上海病例分離的病毒基因組中共識(shí)別了169個(gè)堿基改變，其重復(fù)出現(xiàn)的突變與已公布的病毒序列一致，呈現(xiàn)較為穩(wěn)定的進(jìn)化過(guò)程，顯示該病毒可能在疫情早期就已適應(yīng)在人類(lèi)宿主中傳播。同時(shí)發(fā)現(xiàn)， SARS-CoV-2兩個(gè)分支的傳播性、致病性和臨床表現(xiàn)等方面無(wú)顯著差異，未發(fā)現(xiàn)與COVID-19重癥患者有顯著相關(guān)的病毒變異序列。
從臨床和免疫學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，COVID-19患者淋巴細(xì)胞明顯減少，尤其是重癥患者CD4+和CD8+T細(xì)胞呈顯著進(jìn)行性下降趨勢(shì)，且炎性細(xì)胞因子IL-6和IL-8明顯增高。COVID-19疾病發(fā)展嚴(yán)重程度的決定因素主要與患者年齡、基礎(chǔ)疾病、淋巴細(xì)胞減少和相關(guān)的細(xì)胞因子風(fēng)暴密切相關(guān)，這些因素成為疾病向重癥轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵預(yù)警因子。依據(jù)上述臨床分析采取早期針對(duì)性干預(yù)措施，將有助于阻止疾病向重癥發(fā)展。
研究團(tuán)隊(duì)向中國(guó)國(guó)家組學(xué)數(shù)據(jù)百科全書(shū)（The National Omics Data Encyclopedia，NODE）(http://www.biosino.org/node)、全球流感序列數(shù)據(jù)庫(kù)(GISAID)和NCBI的國(guó)際序列數(shù)據(jù)庫(kù)（SRA）遞交了112個(gè)病例的SARS-CoV-2基因組高質(zhì)量序列數(shù)據(jù)。同時(shí)，設(shè)施也搭建了重大疾病大數(shù)據(jù)平臺(tái)SARS-CoV-2 基因組數(shù)據(jù)交互式、開(kāi)源在線(xiàn)分析網(wǎng)站（http://ncov.linc.org.cn/）。相關(guān)研究數(shù)據(jù)正在為國(guó)內(nèi)外研究單位和科學(xué)家共享。這對(duì)于進(jìn)一步認(rèn)清SARS-CoV-2的分子流行病特征、疾病發(fā)生發(fā)展特性，為重癥病人早期診斷和治療，以及為藥物和疫苗研發(fā)提供了重要的參考依據(jù)，為最終戰(zhàn)勝SARS-CoV-2，保護(hù)全人類(lèi)生命安全做出重要的貢獻(xiàn)。
該論文的共同第一作者為上海市公共衛(wèi)生臨床中心張小楠研究員，凌云副主任，易志剛研究員，轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（上海）譚云博士、劉峰博士和呂綱助理研究員。共同通訊作者為上海市公衛(wèi)中心盧洪洲教授、設(shè)施主任陳賽娟院士和重大疾病基因組學(xué)研究平臺(tái)負(fù)責(zé)人王升躍研究員。
論文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2355-0
