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在卓越醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)方面，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)了多學(xué)制、多專業(yè)、多層次和多種形式的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)工作。近年來，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院開展了廣泛的教學(xué)改革工作，率先采用“器官系統(tǒng)整合式”教學(xué)模式和“問題為基礎(chǔ)的學(xué)習(xí)”（PBL）、“探究為基礎(chǔ)的學(xué)習(xí)”（RBL）等新型教學(xué)方法，堅(jiān)持臨床醫(yī)學(xué)法文班教學(xué)特色，隨著上海-渥太華聯(lián)合醫(yī)學(xué)院的建立，將進(jìn)一步推動(dòng)英文班雙語教學(xué)的開展。作為市教委的骨干教師教學(xué)激勵(lì)計(jì)劃的試點(diǎn)單位，基礎(chǔ) 醫(yī)學(xué)院遴選了19個(gè)理論教學(xué)團(tuán)隊(duì)和5個(gè)實(shí)驗(yàn)教學(xué)團(tuán)隊(duì)，遵循“團(tuán)隊(duì)牽引、首席負(fù)責(zé)、全程激勵(lì)、制度保障”原則，全面推進(jìn)課程改革。
學(xué)院有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（病理學(xué)與病理生理學(xué)），“211工程”三期重點(diǎn)學(xué)科4個(gè)（醫(yī)學(xué)分子細(xì)胞生物學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、遺傳發(fā)育與生殖醫(yī)學(xué)），上海高校高原學(xué)科3個(gè)（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、生物學(xué)），上海市重點(diǎn)學(xué)科（第三期）1個(gè)（人體解剖與組織胚胎學(xué)），上海市教委重點(diǎn)學(xué)科（第五期）2個(gè)（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、免疫學(xué)）。近年來，圍繞上海交通大學(xué)創(chuàng)建世界一流大學(xué)的戰(zhàn)略目標(biāo)，在醫(yī)學(xué)院的統(tǒng)一部署下，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院結(jié)合自身特點(diǎn)，全面推進(jìn)學(xué)科整合重組工作，逐步將最小行政設(shè)置從教研室轉(zhuǎn)變?yōu)橄担纬尚碌南?所結(jié)合的組織架構(gòu)，充分發(fā)揮學(xué)科交叉優(yōu)勢(shì)，實(shí)行院長(zhǎng)領(lǐng)導(dǎo)下的學(xué)科（系）負(fù)責(zé)制和學(xué)科（系）規(guī)劃下的研究組長(zhǎng)（PI）負(fù)責(zé)制，同時(shí)按教學(xué)與科研工作的需要，系內(nèi)設(shè)科研研究組與教學(xué)課程組，以科研反哺教學(xué)，形成教學(xué)、科研工作雙管齊下、相輔相成的新格局。順應(yīng)重大疾病跨學(xué)科交叉研究的必然趨勢(shì)及當(dāng)今轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的戰(zhàn)略發(fā)展，對(duì)接國(guó)家中長(zhǎng)期醫(yī)藥衛(wèi)生發(fā)展規(guī)劃和上海市老齡化問題社會(huì)需求，聚焦腫瘤、感染和免疫性疾病、神經(jīng)性疾病、代謝和心血管疾病、生殖健康等專題開展基礎(chǔ)研究，在長(zhǎng)期積累尤其是近年快速發(fā)展的基礎(chǔ)上，逐步形成了各系/學(xué)科群的研究特色和優(yōu)勢(shì)。2012年教育部學(xué)位與研究生教育發(fā)展中心學(xué)科評(píng)估結(jié)果顯示，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科位列全國(guó)第三。
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