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1955年，基礎醫(yī)學部 (基礎醫(yī)學院的前身) 成立之初，余?、潘孺蓀、童致棱、張鴻德、范承杰、馮固、鄧裕蘭、謝大任、葛懷誠、沈鼎鴻、陳邦憲、丁霆、馮固、張惠珠、章德馨、余新恩、吳云瑞等20余位知名教授和一批熱愛教學事業(yè)的教師和技術員一起艱苦創(chuàng)業(yè)，在很短時間內(nèi)建立了基礎醫(yī)學各個教研室，編寫了各種實用的教材，開設了各種教學實驗室，使基礎醫(yī)學教學很快走上規(guī)道。
上世紀60年代初，基礎醫(yī)學部除了繼續(xù)搞好教學外，大力開展科學研究工作，動員青年教師投考研究生，同時在校內(nèi)組織教師開展研究工作，還將西院新建的大樓命名為科研樓（即現(xiàn)在的三號樓）。廣大中青年教師通過“在實踐中培養(yǎng)、在完成任務中成長”，受到了鍛煉、得到了培養(yǎng)。但隨著文化大革命開始，學校停課、科研工作受到干擾、校園成為階級斗爭的戰(zhàn)場。基礎醫(yī)學部的教學、科研和學科建設受到嚴重影響，基礎醫(yī)學的發(fā)展受到嚴重被壞。在如此困難的環(huán)境下，基礎醫(yī)學部廣大教工還是克服種種困難，自1970年起完成了六屆工農(nóng)兵學員的教學任務。
文革結束后，在王振義、陸德源、金正均、史奎雄、史秉璋、郭壽延、陳澤乃、陳仁彪、謝文英、吳晉寶、夏宗勤等一批老教授的帶領下，基礎醫(yī)學部各教研室很快恢復了生氣。王一飛、湯雪明、陳詩書、徐有秋、馬寶麗、周光炎、徐也魯、錢宗立等一批中青年教師被送到國外學習和工作，他們回國后又給基礎醫(yī)學的發(fā)展帶來了新的動力。在他們的帶動和全體教工的努力下，基礎醫(yī)學院的教學、科研和學科建設順利發(fā)展。八十年代中期，第一批出國的中青年教師先后回國，成為每個教研室的領導或主要骨干，并且都在籌劃和開展科學研究工作，基礎醫(yī)學部出現(xiàn)了前所未有的良好局面。基礎醫(yī)學部高度重視前沿學科的建設，制定了優(yōu)先發(fā)展細胞生物學、分子生物學、免疫學等前沿學科的發(fā)展策略，建設重點學科，通過學科群建設以點帶面發(fā)展基礎醫(yī)學，使基礎醫(yī)學各學科深入到細胞、分子水平，把前沿學科與臨床學科進行交義，形成二醫(yī)大特有的學科優(yōu)勢，基礎醫(yī)學部從此走上了迅速發(fā)展的道路。
1989年5月，在基礎醫(yī)學部的基礎上成立了基礎醫(yī)學院，此后的十多年中，隨著經(jīng)濟的發(fā)展，國家和上海市投入迅速增長，基礎醫(yī)學院進入了教學和科研并重的發(fā)展期。在教學上，建立了面對多學制、多專業(yè)的一套穩(wěn)定的教學體制，開始探索減輕醫(yī)學生課程壓力、提高教學質(zhì)量的教學改革；在科研上，呈現(xiàn)了各學科高度重視研究工作、研究項目和研究成果迅速上升的局面；重點學科、重點實驗室建設以及211工程的建設使基礎醫(yī)學院教學和科研條件得到了巨大的改善；在人才建設上，配合學科建設的需要，優(yōu)化教師隊伍以適應基礎醫(yī)學發(fā)展，提高了工作效率，優(yōu)秀人才的引進和培養(yǎng)使基礎醫(yī)學院教師隊伍有了更強的競爭力，為基礎醫(yī)學院在二十一世紀的騰飛打下了基礎。
2005年，上海第二醫(yī)科大學與上海交通大學強強合并，給基礎醫(yī)學院帶來新的機遇和更大的發(fā)展空間，在陳國強、陸陽、陳紅專、徐天樂等教授和一批新一代學科帶頭人帶領下，基礎醫(yī)學院正以嶄新的面貌向更高的目標前進。在上海交大985項目支持下建立了醫(yī)學科學研究院，統(tǒng)一協(xié)調(diào)基礎醫(yī)學院各研究所和重點實驗室的研究工作，建立各種配套的技術平臺，引進和培養(yǎng)優(yōu)秀人才，組織多層次學術活動營造良好的學術氛圍，使基礎醫(yī)學院的科研工作進一步提高層次、向更高水平發(fā)展，出現(xiàn)了新的飛躍。回顧半個多世紀的發(fā)展歷程，基礎醫(yī)學院既經(jīng)歷了滄桑歲月，更有著輝煌的成就，基礎醫(yī)學院發(fā)展到今天，凝聚著幾代人的不懈努力。基礎醫(yī)學院的明天將會更加輝煌、更加美好。
回顧半個多世紀的發(fā)展歷程，基礎醫(yī)學院既經(jīng)歷了滄桑歲月，更有著輝煌的成就，基礎醫(yī)學院發(fā)展到今天，凝聚著幾代人的不懈努力。基礎醫(yī)學院的明天將會更加輝煌、更加美好。
