上海交通大學醫(yī)學院（原上海第二醫(yī)科大學）醫(yī)學檢驗系始建于1983年，是國內(nèi)首批創(chuàng)辦本科醫(yī)學檢驗教育的高等醫(yī)學院校之一，也是目前上海市唯一開辦醫(yī)學檢驗本科教育的院校。1986年獲得全國高校首批“臨床檢驗診斷學”碩士學位授予點，1998年獲得該專業(yè)博士學位授予點。
上海交通大學醫(yī)學院醫(yī)學檢驗系1991年至今為衛(wèi)生部醫(yī)學檢驗專業(yè)教材委員會主任委員單位；2014年起為全國高等學校醫(yī)學檢驗技術(shù)專業(yè)教材建設指導委員會主任委員單位；2007年至今為教育部高等學校醫(yī)學技術(shù)類教學指導委員會主任委員單位。醫(yī)學檢驗專業(yè)于2007年獲教育部一類學科“特色專業(yè)”；2009年隸屬檢驗系的實驗技術(shù)中心作為上海交通大學醫(yī)學院臨床技能實驗教學中心的分中心，成為上海市和國家級實驗教學示范中心。
三十多年來，上海交通大學醫(yī)學院醫(yī)學檢驗系在辦學理念和教學改革方面積極探索，嚴格貫徹國家教育方針和培養(yǎng)目標，始終把培養(yǎng)學生的創(chuàng)新精神和實踐能力作為專業(yè)建設重點，確立知識傳授和能力培養(yǎng)相融合的教學理念，形成了自己的辦學特色；以專職教師為主的教學型與兼職教師引領(lǐng)的科研型相融合的雄厚師資隊伍和依托上海交通大學醫(yī)學院、復旦大學醫(yī)學院、第二軍醫(yī)大學、上海中醫(yī)藥大學、同濟大學醫(yī)學院等單位的檢驗醫(yī)學專家、教授和他們所在的上海地區(qū)十多家著名三級醫(yī)院、科研院所的專業(yè)學科優(yōu)勢醫(yī)療資源，使上海交通大學醫(yī)學院醫(yī)學檢驗系的辦學能力、教學質(zhì)量和聲譽一直處于國內(nèi)一流的地位。自1983年招收第一屆本科生至2014年，共培養(yǎng)了28屆1248名本科生（醫(yī)學學士806名、理學學士442名）、14屆421名專科生，畢業(yè)生已經(jīng)成為醫(yī)學檢驗界和其它相關(guān)領(lǐng)域中一支令人矚目的中堅力量。
上海交通大學醫(yī)學院醫(yī)學檢驗系在教學中堅持在 “三基”（基礎(chǔ)理論、基本知識、基本技能）、五性（思想性、科學性、先進性、啟發(fā)性、適用性）的基礎(chǔ)上，注重學生知識、能力和素質(zhì)的并重發(fā)展，多名教師獲得了包括全國優(yōu)秀教師稱號、上海市教學名師獎、上海市育才獎、寶鋼教育獎優(yōu)秀教師獎、院校優(yōu)秀教師、上海交通大學教學新秀、醫(yī)學院 “我最喜愛的教師”、醫(yī)學院 “我最喜愛的導師”、上海交通大學 “師德標兵”以及國家級教學成果獎二等獎、上海市教學成果一、二等獎等多個教學獎項；在專業(yè)教材建設上也取得了豐碩成果，從自編、協(xié)編到統(tǒng)編、規(guī)劃教材，已在各主干學科中建立了國家級規(guī)劃教材主（副）編地位和從實驗指導、題庫到教材全面配套的體系。主編教材41本，副主編10本；主編參考教材3本；主編出版專著6本；9本教材獲得了國家級、市級和校級優(yōu)秀教材獎。
在科研工作中充分利用目前具有的獨特資源，整合優(yōu)勢研究力量，獲得了教育部高等學校科學研究優(yōu)秀成果獎自然科學一等獎；上海醫(yī)學科技獎一等獎、二等獎；上海市科學技術(shù)進步獎自然科學一等獎、三等獎；中華醫(yī)學科技獎一等獎；新世紀百千萬人才工程國家級人選等獎項。
現(xiàn)任系主任：王學鋒教授；系副主任：倪培華（專職）、沈立松、陳福祥、李敏、潘秋輝、彭奕冰；
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歷任醫(yī)學檢驗系系主任
系主任
潘瑞彭
教授 任職時間1983年-1988年
系主任
王鴻利
教授 任職時間 1988年-2002年
系主任
樊綺詩
教授 任職時間 2002年-2009年
系主任
張欣欣
教授 任職時間 2009年-2013年
系主任
童建華
教授 任職時間 2013年-2017年
系主任王學鋒教授 2017年-至今
