口腔頜面部癌（口腔癌）是影響人們生命健康和生活質量最嚴重的癌癥之一。精準醫(yī)學的興起和開展，采用多組學技術，系統(tǒng)多層面描繪口腔癌發(fā)生發(fā)展過程中遺傳學和表觀遺傳學變化及整體調控網(wǎng)絡，有助于闡明口腔癌發(fā)生關鍵節(jié)點和調控因素，也將為臨床實施分子分型指導的預防和診療方案提供理論和實驗依據(jù)。針對上述科學問題，由我 院陳萬濤教授作為首席科學家的國家重點研發(fā)計劃“口腔癌分子分型和精準預防診治標志物的研究(2016YFC0902700)”于2016年正式立項實施。該項目主要針對：①口腔癌演進過程關鍵階段的基因組、蛋白組及代謝組等多組學特征譜和新分類體系；②驅動口腔癌演進和防診治相關的多層面交互調控網(wǎng)絡和關鍵分子事件；③口腔上皮癌變分子預測、精準分子分型和防治的最佳分子靶點等3個關鍵科學問題，設置了3個研究課題；3個課題分別是：課題1，口腔癌演進過程中多組學關鍵特征分子譜研究（2016YFC0902701，負責人：上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院的韓澤廣教授）；課題2，口腔癌發(fā)生發(fā)展過程多相調控網(wǎng)絡和分子分類體系構建（2016YFC0902702，負責人：浙江大學轉化醫(yī)學研究院的劉鵬淵教授）；課題3，口腔癌防治靶點和分子標志物的篩選與驗證（2016YFC0902703，負責人：陳萬濤）。上海交通大學、復旦大學、浙江大學、南京大學、四川大學和中山大學等6家大學的18家醫(yī)院和院所的25名項目骨干及其團隊成員以及依托單位，參加了本項目的申報和實施全過程。
本項目主要依托上海交通大學、上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院、國家口腔疾病臨床醫(yī)學研究中心和國家口腔醫(yī)學中心，在前任口腔學科帶頭人邱蔚六院士和現(xiàn)任學科帶頭人張志愿院士全力支持和指導下，按照項目的預期計劃，結合項目組全體人員的科研智慧和奮發(fā)努力，全部完成了項目既定研究任務和考核指標，并取得了多項有知識產權的原創(chuàng)性成果。獲得主要研究結果有：完成了口腔鱗癌發(fā)生過程中具有不同特點的組織標本（1051個）多組學數(shù)據(jù)獲取和分析；在4個組學層面完成了口腔鱗癌相關的分子譜型的獲取，初步繪制出口腔鱗癌發(fā)生過程的特征分子譜型；在多組學數(shù)據(jù)獲取和分析的基礎上，進一步對口腔鱗癌發(fā)生過程中多組學數(shù)據(jù)進行挖掘和深度分析，完成了口腔鱗癌分子分型譜型、主要調控網(wǎng)絡、關鍵信號通路和調控節(jié)點的構建和驗證。利用大樣本完成了對口腔鱗癌患者血清芯片檢測和分析，發(fā)現(xiàn)并證實血清中2個miRNAs能對口腔鱗癌進行有效的預后判斷。篩選驗證口腔鱗癌相關候選標志分子5個，并完成功能驗證。新設計開發(fā)了鑒別口腔鱗癌驅動基因的機器學習方法以及相應的生物信息學統(tǒng)計軟件共6個，為本項目大樣本多組學海量數(shù)據(jù)的分析提供了幫助，為其他腫瘤組學研究分析提供了方法和研究范例。成功建立了有自主知識產權的“口腔頜面部腫瘤臨床和分子分類智能數(shù)據(jù)庫”。針對口腔鱗癌等上皮源性腫瘤，對前期發(fā)現(xiàn)的2個治療靶點進行靶向藥物設計和成藥性研究。定型了精準醫(yī)療框架下的口腔鱗癌分子診斷、口腔鱗癌淋巴結轉移診斷、腫瘤化療效果預測技術和試劑盒共3個，其中“口腔癌分子診斷和轉移預測試劑盒”發(fā)明專利和創(chuàng)新技術已與上海納奧生物科技有限公司簽訂專利技術許可暨合作研發(fā)協(xié)議，資金總投入3200萬元；該試劑盒現(xiàn)已進入臨床試驗申請階段。確定的EZH2癌蛋白能有效預測口腔黏膜癌變，該標志物已在進行多中心臨床驗證。本項目取得成果已授權國內、外發(fā)明專利5項、申請國內發(fā)明專利11項，軟件著作權3項；撰寫并在省級專業(yè)學會頒布口腔癌條件性重編程細胞（CRC）培養(yǎng)標準操作指南1項；發(fā)表標注論文41篇；培養(yǎng)省市人才和創(chuàng)新團隊各1個。牽頭成立“全國衛(wèi)生產業(yè)企業(yè)管理協(xié)會精準醫(yī)療分會”產學研醫(yī)用一體化腫瘤精準醫(yī)療的全國協(xié)作平臺。以上述研究成果為基礎，項目組課題3陳萬濤團隊獲得2019年度上海市科技進步獎一等獎“口腔頜面部腫瘤組織樣本和生物信息庫的建立和應用”和2019年度高等學校科學研究優(yōu)秀成果獎自然科學獎二等獎“非編碼RNA調控口腔鱗癌惡性進展的機制及其應用價值”。
作為國家重點研發(fā)計劃的首批驗收和績效評估項目，取得了十分理想的成績，項目的綜合績效評價得分93.4分。項目研究任務的順利完成，尤其取得的原創(chuàng)性成果及成果轉化和后期應用，無疑能產生良好的社會效益和經(jīng)濟效益，這對我國口腔癌精準醫(yī)療技術發(fā)展產生大的推動作用和示范作用。
國家重點研發(fā)計劃項目秘書組：徐骎撰稿
