生物化學(xué)與分子細胞生物學(xué)系是上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院建立的第一個系，是基于生命科學(xué)發(fā)展的趨勢和學(xué)科建設(shè)的總體布局而建立，并成為學(xué)院學(xué)科建設(shè)的示范，目前已經(jīng)通過建立現(xiàn)代化的“PI制”學(xué)科管理機制，形成了系統(tǒng)的研究體系和嚴謹、踏實、合作、積極的學(xué)術(shù)氛圍，建立了以本系為主體的“上海市腫瘤微環(huán)境與炎癥重點實驗室”，并進入上海市高原學(xué)科建設(shè)，為醫(yī)學(xué)科學(xué)研究的發(fā)展和醫(yī)學(xué)卓越人才培養(yǎng)提供重要的支撐作用。本系致力于腫瘤、心血管、代謝和神經(jīng)系統(tǒng)疾病相關(guān)的分子細胞生物學(xué)問題，從基因、蛋白質(zhì)到生物學(xué)過程展開交叉與整合性的研究。近年來，聚焦于“代謝調(diào)控”研究，通過人才引進、資源整合、引導(dǎo)激發(fā)創(chuàng)新研究等，推動研究領(lǐng)域概念性的探索及臨床問題的轉(zhuǎn)化。
自2009年本系籌備以來，承擔(dān)各類課題281項，包括多項科技部973項目、國家自然科學(xué)基金重點項目及重大研究專項，總經(jīng)費超1億元，并發(fā)表SCI研究論文或受邀綜述230篇，獲得國家科技進步二等獎、教育部高校自然科學(xué)獎二等獎等獎項。本系也是基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教育的重要學(xué)科，承擔(dān)本科生、研究生和各種繼續(xù)教育的生物化學(xué)、分子生物學(xué)以及細胞生物學(xué)課程教學(xué)，同時始終堅持科研反哺教學(xué)，在提高醫(yī)學(xué)生創(chuàng)新能力培養(yǎng)中發(fā)揮了重要的作用，獲得 “上海市教育先鋒號”稱號。
本系現(xiàn)有12名PI，其中國家杰出青年基金獲得者1名，國家優(yōu)秀青年基金獲得者1名，國家高層次青年人才3名，62名教職員工分布于各個PI研究課題組和2個教學(xué)相關(guān)的課程組，其中正教授（研究員）20名，副教授（副研究員）12名，博士生導(dǎo)師16名，碩士生導(dǎo)師11名，博士后8名。本系也率先建立一系列規(guī)范嚴格的研究生培養(yǎng)制度，培養(yǎng)了一大批優(yōu)秀畢業(yè)生，目前在讀研究生91名，其中博士生63人，碩士生28人。研究生培養(yǎng)制度成為學(xué)院示范，同時也為本系科研的良性循環(huán)提供了保障。系內(nèi)支持PI的成長及青年研究人員的培養(yǎng)，已有4名PI成為交大級醫(yī)學(xué)院特聘教授，數(shù)名青年研究人員成為副研究員。
