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病理生理學(xué)系是在上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院病理生理學(xué)教研室的基礎(chǔ)上發(fā)展而來,。該教研室于1956年建立。1977-1989年間,，上海第二醫(yī)科大學(xué)校長(zhǎng)王振義教授（1992年任法國(guó)科學(xué)院外籍院士，1994年任中國(guó)工程院院士,，獲得2010年度國(guó)家最高科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)）擔(dān)任教研室主任,，相關(guān)工作先后獲得了上海市科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎(jiǎng)、中醫(yī)藥科技進(jìn)步三等獎(jiǎng),、上海市衛(wèi)生系統(tǒng)“銀蛇獎(jiǎng)”等一批科技獎(jiǎng)項(xiàng),，該學(xué)科也于1984年成為首批上海市地方高校重點(diǎn)學(xué)科。2000年該學(xué)科成為博士點(diǎn)學(xué)科,。2002年,，國(guó)家杰出青年基金獲得者,、上海市十大杰出青年陳國(guó)強(qiáng)教授（2015年任中國(guó)科學(xué)院院士）擔(dān)任學(xué)科帶頭人，開始新一輪的以內(nèi)涵建設(shè)和創(chuàng)新人才培養(yǎng)為核心的學(xué)科建設(shè),。致力于白血病細(xì)胞分化和凋亡化學(xué)生物學(xué)研究,，成為211工程重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科和國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，并獲得“全國(guó)工人先鋒號(hào)”,、“上海市教育系統(tǒng)文明組室”,、“上海市文明班組”、“上海市勞模集體”等稱號(hào),。2018年鐘清研究員在病理生理學(xué)教研室的基礎(chǔ)上正式成立病理生理學(xué)系并擔(dān)任系主任,。
系主任全面負(fù)責(zé)實(shí)驗(yàn)室的總體運(yùn)行，實(shí)行民主管理,、研究組長(zhǎng)負(fù)責(zé)制，制定學(xué)科發(fā)展計(jì)劃,，對(duì)各研究組在人才培養(yǎng),、科研投入、科研產(chǎn)出等方面實(shí)現(xiàn)目標(biāo)責(zé)任制,。目前,，本系在職人員55名，70%以上擁有博士學(xué)位和海外工作經(jīng)歷,，16名PI（正高職稱19名）,，副高職稱10名。中國(guó)科學(xué)院院士1人,，國(guó)家高層次人才計(jì)劃3人,，國(guó)家高層次人才計(jì)劃青年項(xiàng)目5人，上海市高層次人才2人,，國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者3人,，國(guó)家自然科學(xué)基金委優(yōu)秀青年基金獲得者3人。
病理生理學(xué)系圍繞腫瘤細(xì)胞命運(yùn)決定的醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究及靶向治療等方向,，開展多學(xué)科交叉,，系統(tǒng)開展細(xì)胞死亡與生存，腫瘤微環(huán)境以及小分子藥物治療的基礎(chǔ)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究,。先后承擔(dān)包括國(guó)家科技部十二五支撐計(jì)劃,、“973”計(jì)劃和“863”計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金重大集成,、重點(diǎn),、面上項(xiàng)目和上海市科研項(xiàng)目等200余項(xiàng)，取得系列重要發(fā)現(xiàn),，在國(guó)際權(quán)威學(xué)術(shù)刊物Nature,、Cell Metabolism,、Cancer Cell、Nature Chemical Biology,、Nature Cell Biology,、PNAS、Blood等發(fā)表SCI論文300余篇,，并獲得國(guó)家自然科學(xué)二等獎(jiǎng),、中華醫(yī)學(xué)科技一等獎(jiǎng)、上海市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng),、上海市自然科學(xué)一等獎(jiǎng)等獎(jiǎng)項(xiàng),。授權(quán)數(shù)十項(xiàng)發(fā)明專利。期間,，病理生理學(xué)系共培養(yǎng)了120余位碩,、博士研究生，并有多名學(xué)生獲國(guó)家及地方優(yōu)秀研究生獎(jiǎng)勵(lì),。
