近日，中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院健康科學(xué)研究所，中國科學(xué)院干細(xì)胞重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室孔祥銀研究組博士研究生劉洋等人與國家人類基因組南方研究中心、浙江大學(xué)等單位合作，突破傳統(tǒng)GWAS單位點(diǎn)分析的局限，建立了基于不同遺傳位點(diǎn)相互作用的全基因組關(guān)聯(lián)分析方法和程序（http://www.ihs.ac.cn/xykong/PIAM.zip），并利用公共GWAS數(shù)據(jù), 成功發(fā)現(xiàn)多個傳統(tǒng)分析方法遺失的復(fù)雜疾病包括冠心病（coronary artery disease, CAD）、II型糖尿病（type 2 diabetes，T2D）、克羅恩病（Crohn’s disease，CD）等疾病的易感新位點(diǎn)。相關(guān)研究成果論文近日已在線發(fā)（http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1001338）。
此項(xiàng)研究不但揭示了不同位點(diǎn)之間的相互作用與患病風(fēng)險(xiǎn)可能存在相關(guān)性, 而且加深了人類對復(fù)雜疾病遺傳位點(diǎn)構(gòu)架（genetic architecture）的了解。PLoS Genetics雜志審稿人對此項(xiàng)研究做出高度評價(jià)：這是探索復(fù)雜疾病研究中“丟失的遺傳性”一次成功而有意義的嘗試。
利用大量病例對照樣本，通過采用全基因組單核苷酸多態(tài)分型結(jié)合單遺傳位點(diǎn)相關(guān)分析的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）方法，迄今已發(fā)現(xiàn)數(shù)以千計(jì)的復(fù)雜疾病易感位點(diǎn)。但是，大多數(shù)這樣的位點(diǎn)對患病風(fēng)險(xiǎn)的貢獻(xiàn)比較小，只能解釋約10%的遺傳作用，80%以上的遺傳貢獻(xiàn)遺失， 這一現(xiàn)象被稱為復(fù)雜疾病研究中“丟失的遺傳性（missing heritability）”。如何挽回這種丟失的遺傳性是當(dāng)今復(fù)雜疾病遺傳學(xué)研究的重要課題。
該項(xiàng)研究工作得到了國家科技部、國家自然科學(xué)基金委、中國科學(xué)院以及上海超級計(jì)算中心的支持。
