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在“985”建設(shè)經(jīng)費(fèi)的資助下，“上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院”于2007年立項(xiàng)。其建院方針是：以在科學(xué)發(fā)展觀的統(tǒng)領(lǐng)下，調(diào)動(dòng)一切可以調(diào)動(dòng)的積極因素，建立以“拒絕平庸求卓越，摒棄浮躁求實(shí)效”為主要內(nèi)容的核心競(jìng)爭(zhēng)力，努力營(yíng)造一種“團(tuán)結(jié)、緊張、嚴(yán)肅、活潑”的學(xué)術(shù)研究氛圍和創(chuàng)新人才培養(yǎng)環(huán)境; 面向國際前沿，面向國家需求，重點(diǎn)圍繞腫瘤、免疫性疾病、代謝性疾病神經(jīng)退行性疾病和心血管疾病等人類重大疾病的重要基礎(chǔ)科學(xué)問題，重點(diǎn)建設(shè)病理和病理生理學(xué)、醫(yī)學(xué)細(xì)胞分子生物學(xué)、免疫和病原生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)和化學(xué)生物學(xué)等五個(gè)學(xué)科群，造就若干在國內(nèi)外具有一定影響和競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的、由優(yōu)秀學(xué)科帶頭人、青年骨干和真正的學(xué)術(shù)型教師組成的學(xué)科團(tuán)隊(duì)，為附屬醫(yī)院的科研工作產(chǎn)生輻射效應(yīng)，為實(shí)現(xiàn)上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院又好又快的持續(xù)發(fā)展奠定堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
3月9日下午，以趙國屏院士為組長(zhǎng)的專家組對(duì)該研究院的兩年建設(shè)情況進(jìn)行了驗(yàn)收。校黨委副書記、醫(yī)學(xué)院黨委書記孫大麟和副校長(zhǎng)林忠欽到會(huì)向?qū)＜医M表示衷心的感謝。專家組認(rèn)為通過項(xiàng)目組全體人員的共同努力下，“經(jīng)過短短兩年的建設(shè)，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院創(chuàng)新了體制機(jī)制，凝練了學(xué)科發(fā)展方向，已經(jīng)超額完成建設(shè)任務(wù)，正在建成一個(gè)‘人才凝聚、科研創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化’三位一體的研究機(jī)構(gòu)，對(duì)醫(yī)學(xué)院乃至整個(gè)學(xué)校的貢獻(xiàn)已經(jīng)初步顯現(xiàn)”。
醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院堅(jiān)持科學(xué)發(fā)展觀、堅(jiān)持改革開放、堅(jiān)持解放思想，切實(shí)進(jìn)行了體制機(jī)制的創(chuàng)新，在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院和醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，建立起院長(zhǎng)領(lǐng)導(dǎo)下的學(xué)科負(fù)責(zé)制和學(xué)科規(guī)劃與領(lǐng)導(dǎo)下的課題組負(fù)責(zé)制。在隊(duì)伍建設(shè)中，該項(xiàng)目以課題組長(zhǎng)負(fù)責(zé)制（PI制）的形式組建醫(yī)科院的人才隊(duì)伍。通過海外的主動(dòng)招募和院內(nèi)的遴選，醫(yī)科院已在五個(gè)學(xué)科建立起20個(gè)課題組。其學(xué)科帶頭人和課題組長(zhǎng)均有在國外長(zhǎng)期從事研究工作的經(jīng)歷，其中10人是近兩年來從美國、德國等國著名大學(xué)中引進(jìn)回國的優(yōu)秀的研究人員。醫(yī)科院還建立青年教師科研能力提升計(jì)劃，通過公開選拔，公平競(jìng)爭(zhēng)， 35名青年教師進(jìn)入醫(yī)科院，在各課題組長(zhǎng)的指導(dǎo)和培養(yǎng)下，進(jìn)行從科研思維到科研技能的全方位的培養(yǎng)。在醫(yī)科院濃郁的科研氛圍和良好的科研環(huán)境中，青年教師迅速成長(zhǎng)，先后有14人獲得國家級(jí)課題的資助， 2人入選上海啟明星計(jì)劃。同時(shí)，給研究生營(yíng)造了良好的學(xué)習(xí)氛圍和工作環(huán)境。在PI的精心指導(dǎo)下，畢業(yè)研究生的質(zhì)量明顯提高。3篇學(xué)位論文獲上海市研究生優(yōu)秀教學(xué)成果獎(jiǎng)。
在國內(nèi)外學(xué)術(shù)合作中，醫(yī)科院與附屬醫(yī)院的合作實(shí)現(xiàn)實(shí)質(zhì)性啟動(dòng)， 如啟動(dòng)了與仁濟(jì)醫(yī)院合作的研究基金，向附屬醫(yī)院開放了研究生基本技能培訓(xùn)，與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院聯(lián)合舉辦“21創(chuàng)新論壇”，做報(bào)告的海外報(bào)告人有21名，其中包括國際相關(guān)領(lǐng)域權(quán)威人士如美國耶魯大學(xué)S.Ghosh、法國國立健康醫(yī)學(xué)研究院A.Benabid、瑞典卡羅琳斯卡研究院A.Zetterberg等。此外，開展了與海外院校的科研合作，與加拿大多倫多大學(xué)和澳大利亞悉尼大學(xué)分別進(jìn)行了兩次以上的互訪，有針對(duì)性地初步建立了與對(duì)方的合作腫瘤研究項(xiàng)目。
總之，通過兩年的建設(shè)，推出課題組長(zhǎng)負(fù)責(zé)制、PI遴選辦法、青年教師科研能力提升計(jì)劃、技術(shù)員崗位管理辦法等一系列體制機(jī)制，保證了醫(yī)科院的成功建立和運(yùn)行,并切實(shí)改善了學(xué)術(shù)創(chuàng)新氛圍。研究院的學(xué)術(shù)氛圍得到不斷提升，創(chuàng)新熱情高漲，科研競(jìng)爭(zhēng)力得到大大提升，在承擔(dān)國家重大科研項(xiàng)目、國家自然基金項(xiàng)目和科研經(jīng)費(fèi)都實(shí)現(xiàn)跨越式增長(zhǎng)。據(jù)了解，醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院兩年內(nèi)新增國家重大計(jì)劃項(xiàng)目1項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金重大計(jì)劃1項(xiàng)、重點(diǎn)項(xiàng)目3項(xiàng)，863計(jì)劃和973計(jì)劃課題各 3項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金40項(xiàng)，總經(jīng)費(fèi)達(dá)7079萬元。在相關(guān)領(lǐng)域?qū)I(yè)學(xué)術(shù)刊物發(fā)表SCI論文數(shù)累積110篇，平均影響因子大于3。
經(jīng)專家組成員討論一致同意，上海交通大學(xué)“985工程”二期“上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院”建設(shè)項(xiàng)目通過項(xiàng)目驗(yàn)收。
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