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在“985”建設(shè)經(jīng)費的資助下,，“上海交通大學醫(yī)學科學研究院”于2007年立項,。其建院方針是：以在科學發(fā)展觀的統(tǒng)領(lǐng)下，調(diào)動一切可以調(diào)動的積極因素,，建立以“拒絕平庸求卓越,，摒棄浮躁求實效”為主要內(nèi)容的核心競爭力，努力營造一種“團結(jié),、緊張,、嚴肅、活潑”的學術(shù)研究氛圍和創(chuàng)新人才培養(yǎng)環(huán)境; 面向國際前沿,，面向國家需求,，重點圍繞腫瘤、免疫性疾病,、代謝性疾病神經(jīng)退行性疾病和心血管疾病等人類重大疾病的重要基礎(chǔ)科學問題,，重點建設(shè)病理和病理生理學、醫(yī)學細胞分子生物學,、免疫和病原生物學,、發(fā)育生物學和化學生物學等五個學科群,，造就若干在國內(nèi)外具有一定影響和競爭優(yōu)勢的、由優(yōu)秀學科帶頭人,、青年骨干和真正的學術(shù)型教師組成的學科團隊,，為附屬醫(yī)院的科研工作產(chǎn)生輻射效應，為實現(xiàn)上海交通大學醫(yī)學院又好又快的持續(xù)發(fā)展奠定堅實的基礎(chǔ),。
3月9日下午,，以趙國屏院士為組長的專家組對該研究院的兩年建設(shè)情況進行了驗收。校黨委副書記,、醫(yī)學院黨委書記孫大麟和副校長林忠欽到會向?qū)＜医M表示衷心的感謝,。專家組認為通過項目組全體人員的共同努力下，“經(jīng)過短短兩年的建設(shè),，上海交通大學醫(yī)學科學研究院創(chuàng)新了體制機制,，凝練了學科發(fā)展方向，已經(jīng)超額完成建設(shè)任務,，正在建成一個‘人才凝聚,、科研創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化’三位一體的研究機構(gòu),，對醫(yī)學院乃至整個學校的貢獻已經(jīng)初步顯現(xiàn)”,。
醫(yī)學科學研究院堅持科學發(fā)展觀、堅持改革開放,、堅持解放思想,，切實進行了體制機制的創(chuàng)新，在基礎(chǔ)醫(yī)學院和醫(yī)學科學研究院的統(tǒng)一領(lǐng)導下,，建立起院長領(lǐng)導下的學科負責制和學科規(guī)劃與領(lǐng)導下的課題組負責制,。在隊伍建設(shè)中，該項目以課題組長負責制（PI制）的形式組建醫(yī)科院的人才隊伍,。通過海外的主動招募和院內(nèi)的遴選,，醫(yī)科院已在五個學科建立起20個課題組。其學科帶頭人和課題組長均有在國外長期從事研究工作的經(jīng)歷,，其中10人是近兩年來從美國,、德國等國著名大學中引進回國的優(yōu)秀的研究人員。醫(yī)科院還建立青年教師科研能力提升計劃,，通過公開選拔,，公平競爭， 35名青年教師進入醫(yī)科院,，在各課題組長的指導和培養(yǎng)下,，進行從科研思維到科研技能的全方位的培養(yǎng)。在醫(yī)科院濃郁的科研氛圍和良好的科研環(huán)境中,，青年教師迅速成長,，先后有14人獲得國家級課題的資助,， 2人入選上海啟明星計劃。同時,，給研究生營造了良好的學習氛圍和工作環(huán)境,。在PI的精心指導下，畢業(yè)研究生的質(zhì)量明顯提高,。3篇學位論文獲上海市研究生優(yōu)秀教學成果獎,。
在國內(nèi)外學術(shù)合作中，醫(yī)科院與附屬醫(yī)院的合作實現(xiàn)實質(zhì)性啟動,， 如啟動了與仁濟醫(yī)院合作的研究基金,，向附屬醫(yī)院開放了研究生基本技能培訓，與基礎(chǔ)醫(yī)學院聯(lián)合舉辦“21創(chuàng)新論壇”,，做報告的海外報告人有21名,，其中包括國際相關(guān)領(lǐng)域權(quán)威人士如美國耶魯大學S.Ghosh、法國國立健康醫(yī)學研究院A.Benabid,、瑞典卡羅琳斯卡研究院A.Zetterberg等,。此外，開展了與海外院校的科研合作,，與加拿大多倫多大學和澳大利亞悉尼大學分別進行了兩次以上的互訪,，有針對性地初步建立了與對方的合作腫瘤研究項目。
總之,，通過兩年的建設(shè),，推出課題組長負責制、PI遴選辦法,、青年教師科研能力提升計劃,、技術(shù)員崗位管理辦法等一系列體制機制，保證了醫(yī)科院的成功建立和運行,并切實改善了學術(shù)創(chuàng)新氛圍,。研究院的學術(shù)氛圍得到不斷提升，創(chuàng)新熱情高漲,，科研競爭力得到大大提升,，在承擔國家重大科研項目、國家自然基金項目和科研經(jīng)費都實現(xiàn)跨越式增長,。據(jù)了解,，醫(yī)學科學研究院兩年內(nèi)新增國家重大計劃項目1項，國家自然科學基金重大計劃1項,、重點項目3項,，863計劃和973計劃課題各 3項，國家自然科學基金40項,，總經(jīng)費達7079萬元,。在相關(guān)領(lǐng)域?qū)I(yè)學術(shù)刊物發(fā)表SCI論文數(shù)累積110篇,，平均影響因子大于3。
經(jīng)專家組成員討論一致同意,，上海交通大學“985工程”二期“上海交通大學醫(yī)學科學研究院”建設(shè)項目通過項目驗收,。
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