去年底今年初，新型冠狀病毒性肺炎（COVID-19）在武漢爆發(fā)，并迅速向全國范圍蔓延。正在瑞金醫(yī)院建設(shè)中的轉(zhuǎn)化醫(yī)學國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（以下簡稱設(shè)施），以國家重大需求為己任，主動作為，充分發(fā)揮國家設(shè)施的平臺優(yōu)勢，與復(fù)旦大學附屬上海市公共衛(wèi)生臨床中心（以下簡稱公衛(wèi)中心）、上海血液學研究所、醫(yī)學基因組學國家重點實驗室、瑞金醫(yī)院臨床病毒學實驗室，復(fù)旦大學上海醫(yī)學院分子病毒實驗室、上海交通大學醫(yī)學院附屬同仁醫(yī)院、中科院植物生理生態(tài)研究所、上海巴斯德研究所和上海營養(yǎng)與健康研究所等單位通力合作，就新型冠狀病毒基因組、分子流行病學特點、疾病臨床特征進行了深入研究。5月20日，《自然》雜志在線全文發(fā)表了該項研究成果“Viral and host factors related to the clinic outcome of COVID-2019”。
根據(jù)WHO最新統(tǒng)計，截至2020年5月18日，全世界累計確診病人超過460萬，累計死亡病例超31萬。在新型冠狀病毒感染關(guān)鍵時刻，設(shè)施學術(shù)委員會主任、上海交通大學醫(yī)學院附屬瑞金醫(yī)院終身教授陳竺院士親自進行部署和指導，由設(shè)施主任陳賽娟院士親自組織，迅速成立重大疾病基因組研究平臺的精干研究小組。由平臺負責人，曾參加過17年前SARS病毒基因組研究的王升躍研究員和劉峰博士、譚云博士、呂綱助理研究員等組成。在瑞金醫(yī)院寧光院長的大力支持下，與公衛(wèi)中心研究團隊緊密合作，對該中心在2020年1月20日-2月25日期間收治的326例患者，進行了病毒基因組、臨床表現(xiàn)特點、免疫反應(yīng)改變等數(shù)據(jù)的全面深度分析。自1月27日（大年初三）收到第一批樣本起，重大疾病基因組研究平臺在一個多月時間內(nèi)完成了112個COVID-19病例的病毒基因組深度測序、組裝和解析。
病毒基因組序列進化樹分析表明SARS-CoV-2主要有兩個分支（Clade I 和Clade II）。確認有華南海鮮市場接觸史的6位患者均集中在其中一個分枝中（Clade I），而Clade II患者無該接觸史，提示疫情發(fā)生并不局限于華南海鮮市場。通過對疫情爆發(fā)的不同時間階段和不同區(qū)域患者的SARS-CoV-2基因序列（截止2020年3月初）變化特征的比較分析，從上海病例分離的病毒基因組中共識別了169個堿基改變，其重復(fù)出現(xiàn)的突變與已公布的病毒序列一致，呈現(xiàn)較為穩(wěn)定的進化過程，顯示該病毒可能在疫情早期就已適應(yīng)在人類宿主中傳播。同時發(fā)現(xiàn)， SARS-CoV-2兩個分支的傳播性、致病性和臨床表現(xiàn)等方面無顯著差異，未發(fā)現(xiàn)與COVID-19重癥患者有顯著相關(guān)的病毒變異序列。
從臨床和免疫學研究發(fā)現(xiàn)，COVID-19患者淋巴細胞明顯減少，尤其是重癥患者CD4+和CD8+T細胞呈顯著進行性下降趨勢，且炎性細胞因子IL-6和IL-8明顯增高。COVID-19疾病發(fā)展嚴重程度的決定因素主要與患者年齡、基礎(chǔ)疾病、淋巴細胞減少和相關(guān)的細胞因子風暴密切相關(guān)，這些因素成為疾病向重癥轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵預(yù)警因子。依據(jù)上述臨床分析采取早期針對性干預(yù)措施，將有助于阻止疾病向重癥發(fā)展。
研究團隊向中國國家組學數(shù)據(jù)百科全書（The National Omics Data Encyclopedia，NODE）(http://www.biosino.org/node)、全球流感序列數(shù)據(jù)庫(GISAID)和NCBI的國際序列數(shù)據(jù)庫（SRA）遞交了112個病例的SARS-CoV-2基因組高質(zhì)量序列數(shù)據(jù)。同時，設(shè)施也搭建了重大疾病大數(shù)據(jù)平臺SARS-CoV-2 基因組數(shù)據(jù)交互式、開源在線分析網(wǎng)站（http://ncov.linc.org.cn/）。相關(guān)研究數(shù)據(jù)正在為國內(nèi)外研究單位和科學家共享。這對于進一步認清SARS-CoV-2的分子流行病特征、疾病發(fā)生發(fā)展特性，為重癥病人早期診斷和治療，以及為藥物和疫苗研發(fā)提供了重要的參考依據(jù)，為最終戰(zhàn)勝SARS-CoV-2，保護全人類生命安全做出重要的貢獻。
該論文的共同第一作者為上海市公共衛(wèi)生臨床中心張小楠研究員，凌云副主任，易志剛研究員，轉(zhuǎn)化醫(yī)學國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施（上海）譚云博士、劉峰博士和呂綱助理研究員。共同通訊作者為上海市公衛(wèi)中心盧洪洲教授、設(shè)施主任陳賽娟院士和重大疾病基因組學研究平臺負責人王升躍研究員。
論文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2355-0
