11月24日，由上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院學(xué)生聯(lián)合會(huì)和“醫(yī)學(xué)方”教育平臺(tái)共同舉辦的線下公開課第五期——GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘入門在醫(yī)學(xué)院圖書館演講廳順利舉行。主講嘉賓為醫(yī)學(xué)方明星講師豪斯醫(yī)生。
本次公開課層層深入，從數(shù)據(jù)挖掘、GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹、數(shù)據(jù)研究全流程展示到實(shí)際操作演練，豪斯醫(yī)生教授了一堂別開生面、精彩紛呈的數(shù)據(jù)挖掘課程。在豪斯醫(yī)生幽默的語(yǔ)言和豐富的專業(yè)知識(shí)下，同學(xué)們的視野得到了拓展，并且習(xí)得了新的技能。
第一部分的主題為數(shù)據(jù)挖掘及GEO數(shù)據(jù)庫(kù)介紹和簡(jiǎn)單使用。一開始，豪斯醫(yī)生用有趣的表情包和圖片向同學(xué)們介紹了數(shù)據(jù)發(fā)掘和其在各個(gè)方面的重要意義。之后用多個(gè)例子展示了數(shù)據(jù)挖掘可挖掘到的數(shù)據(jù)類型，展現(xiàn)了數(shù)據(jù)挖掘的強(qiáng)大功能性和必要性。
緊接著，豪斯醫(yī)生通過現(xiàn)場(chǎng)實(shí)際操作的方式為同學(xué)們介紹了GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，從平臺(tái)、樣本、系列、數(shù)據(jù)集組及表達(dá)譜等方面進(jìn)行了細(xì)致的講解。通過具體實(shí)例為同學(xué)們展示了數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法和在線工具分析方法。然后打開R語(yǔ)言編輯平臺(tái)的下載網(wǎng)頁(yè)，向同學(xué)們介紹了編輯軟件的下載安裝方式，并簡(jiǎn)單地與同學(xué)們分享了平臺(tái)內(nèi)其他安裝包的選擇和幾本可提升R語(yǔ)言使用水平的書籍。
第二部分旨在指導(dǎo)SCI論文寫作，通過多步數(shù)據(jù)挖掘整理找到所需內(nèi)容。豪斯醫(yī)生首先提出，通過利用數(shù)據(jù)挖掘的方法，甚至可以在不做實(shí)驗(yàn)的前提下完成論文的大框架。隨后，分別從芯片質(zhì)量評(píng)估、數(shù)據(jù)預(yù)處理、尋找差異、功能富集分析等方面，一步步展示了數(shù)據(jù)的挖掘分析過程。豪斯醫(yī)生寓教學(xué)于例子當(dāng)中，生動(dòng)形象地教授了操作方法。同學(xué)們跟隨著老師在自己的電腦上進(jìn)行操作，對(duì)數(shù)據(jù)挖掘有了更深的理解。
最后，豪斯醫(yī)生額外擴(kuò)展了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的相關(guān)知識(shí)。以肝癌為例，說明了數(shù)據(jù)庫(kù)的應(yīng)用和其價(jià)值。在為同學(xué)們介紹數(shù)據(jù)庫(kù)后，他用數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)胃癌相關(guān)基因的表達(dá)情況進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘，來(lái)尋找新的分子靶標(biāo)，在此過程中展現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫(kù)的強(qiáng)大能力。
在本次公開課中，豪斯醫(yī)生幽默、細(xì)致的講解獲得了在場(chǎng)同學(xué)的一致好評(píng)。在課程結(jié)束后同學(xué)們也與其進(jìn)行了更進(jìn)一步的交流。醫(yī)學(xué)方公開課第五期使同學(xué)們深入了解了GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)并掌握了數(shù)據(jù)挖掘的眾多方法，希望可以幫助在場(chǎng)的醫(yī)學(xué)生和醫(yī)生們進(jìn)一步提升科研能力。
